604（推古12）年、聖徳太子の発願によって創建。646（大化2）年に宇治橋が架けられた際、境内に宇治川の治水と人々の往来の安全を願う堂塔が建立されたと伝わります。それ以来、宇治橋の守護と管理を任されたことから「橋寺」と呼ばれるようになりました。

豊臣秀吉が献木したという五色八重散椿が境内に咲くことから「椿寺」と呼ばれます。初代の椿は加藤清正が豊臣秀吉に献上したものとされ、白、赤、ピンク、絞りなどに咲き分けた後、花びらが一片一片散るのが特徴。毎年、多くの花を咲かせます。

1228（安貞2）年、川の管理を担っていた防鴨河使（ぼうかし）の勢多判官中原為兼（せたのはんがんなかはらためかね）が、地蔵菩薩のお告げによって洪水を防ぐことができたことから、その地蔵菩薩を「雨止（あめやみ）地蔵」と名づけ、この地に安置しまつったことが仲源寺の起こりと伝えられています。その後「雨止」が転じて「目疾（めやみ）地蔵」となったとも言われ、眼病平癒のご利益でも知られるようになりました。

仲源寺の通称に関しては諸説あります

平安時代、歌人の藤原実方（さねかた）は同じく歌人の藤原行成（ゆきなり）と口論になり、勢い余って行成の冠を投げ捨ててしまいました。実方は左遷を命じられ、そのまま奥州（現在の東北地方）で亡くなりました。実方の死が京に伝わったちょうどその頃、雀寺の住職の夢枕に実方と名乗るスズメが現れ、京が恋しかったと言いました。翌日、境内に1羽の雀が死んでおり、住職は塚を立てて静かに葬りました。以来、寺は雀寺と呼ばれるようになったそうです。

1730（享保15）年に起こった「西陣焼け」。京都の西陣一帯を焼く大火事でしたが、本隆寺は焼けずに残ったことからこう呼ばれるようになりました。言い伝えでは、西陣焼けの時、本堂にまつられていた鬼子母人像が女性に姿を変えて現れ、本堂前の井戸水をお堂にかけたところ、たちまち火は消えたそうです。現在、本隆寺では、鬼子母人像が描かれた火難除けのお札が授与されています。

本堂は現在修復工事中