高瀬川の一之船入の近くにあり、1864（元治元）年の蛤御門（はまぐりごもん）の変で焼失するまで、藩の尊王攘夷運動の拠点になりました。藩邸跡には、薩長同盟の締結に尽力した藩士・桂小五郎の像があります。

京都に複数の藩邸を設けた薩摩藩。相国寺南側の二本松藩邸は、薩長同盟の成立に向けて薩摩藩と長州藩の会談が行われた場所のひとつとされています。

1863（文久3）年に将軍後見職として上洛した、後の第15代将軍・一橋慶喜（よしのぶ）は、徳川家と縁のある若狭小浜藩邸を滞在先としました。将軍就任後もここで様々な立場の要人と協議を重ね、大政奉還の構想を練ったと言われています。

土佐藩を脱藩した後、江戸などで活動していた坂本龍馬は、1863（文久3）年に高瀬川沿いの土佐藩邸で数日間謹慎することで、脱藩の罪を許されました。幕末には現在の京都大学北部構内にあたる場所に土佐白川藩邸が置かれ、土佐藩出身の中岡慎太郎が討幕のために組織した「陸援隊」の拠点になりました。