豊臣秀吉が築き、関ヶ原の戦いによって焼失した伏見城を1602（慶長7）年に家康が再建。翌年、家康はこの城で朝廷から征夷大将軍に任命されました。建物は現存していませんが、1964（昭和39）年に洛中洛外図屏風を参考に模擬天守が造られ、今も伏見桃山城運動公園内に立っています。

家康が篤く信仰していた浄土宗の総本山で、徳川家から多くの援助を受けた寺院のひとつ。家康が土地と諸堂を、第2代将軍・秀忠が三門を寄進し、第3代将軍・家光が火災にあった知恩院の再建を行いました。寺紋に徳川家の家紋と同じ「三つ葉葵」を使用していることからも、その縁の深さをうかがえます。

院政を行っていた家康の政治顧問として活躍した名僧・以心崇伝（いしんすうでん）は、南禅寺中興の祖。南禅寺塔頭の金地院住職を務めながら、朝廷の権限を抑えた「禁中並公家諸法度」の案文を作るなどして江戸幕府の基礎を築きました。金地院の境内には家康を祀る東照宮があります。

1603（慶長8）年、家康は京都御所の守護と将軍上洛の際の宿泊所として、また徳川家の権威を誇示するために二条城を築城しました。当時は現在の二の丸エリアのみでしたが、3代将軍・家光の時代に大規模な増改築が行われ、本丸エリアが新たに設けられてほぼ現在の規模に。徳川最後の将軍・慶喜が「大政奉還」の意思を表明したのもここ二条城でした。